El Programa opera a través de los siguientes proyectos:
Fondo de Manejo del Fuego y Restauración: asiste el fortalecimiento de capacidades de las organizaciones locales en el manejo del fuego y restauración de áreas quemadas.
Cuencas y Ciudades: busca logra la protección y recuperación de las cuencas que abastecen de agua a ciudades importantes en México.
Financiamiento Forestal: orientado a mejorar la rentabilidad y la sostenibilidad ambiental, social y financiera de empresas forestales comunitarias (EFC).
Monitoreo de Bosques: dirigido a implementar métodos y tecnologías que permitan monitorear la condición de los recursos naturales, a través del Sistema Nacional de Monitoreo de la Biodiversidad (SNMB).
Fondo Monarca: esquema financiero para apoyar la conservación de los bosques de la zona núcleo de la Reserva de la Biosfera Mariposa Monarca.