Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza es una organización privada sin fines de lucro que nació en 1994. El concepto del primer fondo ambiental de México nació en 1992 durante la Conferencia de Medio Ambiente y Desarrollo Sostenible de las Naciones Unidas, celebrada en Rio de Janeiro, Brasil.
Durante este evento, múltiples representantes de organizaciones conservacionistas nacionales e internacionales, así como las autoridades ambientales federales de México identificaron la necesidad de establecer una organización autónoma y permanente que garantizara financiamiento estable en el largo plazo y tuviera la capacidad de captar recursos de diversas fuentes nacionales e internacionales para apoyar proyectos para la conservación de la biodiversidad. De esta reunión derivaron los compromisos del Gobierno de México y del Gobierno de los Estados Unidos de aportar un fondo patrimonial a esta iniciativa.
El diseño de FMCN se basa en un proceso de consulta que dura dos años, en el que participaron más de 400 representantes de 250 organizaciones e instituciones nacionales e internacionales de todo el país.