FMCN cuenta con cinco programas principales, y cada programa desarrolla diversos proyectos y subproyectos.

Bosques y Cuencas El Programa de Conservación de Bosques y Cuencas promueve y apoya procesos de manejo integrado del territorio para mantener y recuperar la funcionalidad de los ecosistemas. Hacemos esto a través del desarrollo de capacidades, asistencia técnica, financiamiento y sinergias interinstitucionales.

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Áreas Naturales Protegidas Los rendimientos del patrimonio de FMCN son canalizados a 52 áreas naturales protegidas (ANP) para fortalecer su operación y manejo efectivo por medio del Programa de Conservación de Áreas Naturales Protegidas (PCANP).

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Mares y Costas El Programa de Conservación de Mares y Costas (PCMyC) financia iniciativas en las Áreas Marinas Protegidas (AMP) y sus zonas de influencia para asegurar la conservación de una red de ecosistemas marino-costeros representativos en el largo plazo.

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Proyectos Interprogramas Algunos proyectos de FMCN abarcan ecosistemas, regiones y ejes temáticos que rebasan las líneas de acción de un solo Programa, por lo que los denominamos Proyectos Interprogramas. Requieren de una coordinación diversificada, juntando actores de múltiples sectores para lograr sus objetivos.

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Proyectos de Liderazgo FMCN diseña, promueve y pone en práctica mecanismos innovadores de financiamiento, así como proyectos particulares de liderazgo y capacitación que promueven el bienestar de las comunidades rurales y la conservación de la biodiversidad en México.

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