El rápido crecimiento de la población en centros urbanos de México conlleva al aumento continuo de la demanda de agua. A la par de esta dinámica, hemos sido testigos del deterioro acelerado de los ecosistemas que proveen servicios ambientales hidrológicos resultando en una disminución de la calidad del agua, un suministro deficiente y la desvinculación crónica entre las áreas de captación e infiltración de agua y las áreas urbanas que se benefician de los servicios hidrológicos. Además, las cuencas y las ciudades de México son muy vulnerables a los efectos del cambio climático, particularmente a los fenómenos hidrometeorológicos extremos (tormentas, huracanes y periodos de sequía). 

Ante este panorama, desde 2002, Cuencas y Ciudades apoya el desarrollo de procesos de coordinación institucional, la gestión del agua en regiones prioritarias, el establecimiento de modelos piloto de conservación de ecosistemas y paisajes bajo un enfoque de cuenca, y el diseño e implementación de mecanismos financieros de largo plazo. 

La fase actual del proyecto (2022–2025) incorpora componentes enfocados en responder a los retos presentes y futuros del cambio climático, fortalecer la resiliencia hídrica de las ciudades y sus cuencas mediante la implementación de soluciones basadas en la naturaleza (SbN), la integración de infraestructura verde y gris, la atracción de inversiones públicas y privadas, y el fortalecimiento de capacidades locales.